1、澎湖遺址前經考古學者探勘發現遺址計91處，其中，史前文化遺址52處，歷史文化遺址39處，散落全縣16座島嶼上。其中「七美石器工場」，於民國72年經學者臧振華教授於七美鄉發現南港遺址，並推測此處為石器製造場遺址，後於89年再次會同夏威夷考古專家貝（Barry Rolett）教授等學者，前往七美鄉調查時，於東湖及西北灣兩處發現新的石器製造場遺址，這些遺址規模龐大，暴露大量石器原料、廢料、成品與工具，是極為珍貴的史前文化遺址。為避免造成文化資產之滅失，本府遂於93年5月24日、25日會同考古學家臧振華教授、澎湖地政事務所及七美鄉公所人員，至七美島遺址現場辦理範圍測量，完成遺址範圍圖、地籍清冊等，並爭取文建會補助經費150萬元辦理本遺址考古發掘計畫，由臧振華教授主持計畫已完成研究報告，並於國立台灣史前文化博物館策辦相關研究成果特展。

2.、水下考古研究，澎湖因四面環海，又居海運交通樞紐，加上部分海域海象險惡，史來船難事件極多，因此水下考古研究，也為本縣重要文化資產保存維護課題之一。民國84年教育部指示國立歷史博物館於澎湖望安海域進行水下考古研究工作，經過三次水下探勘發掘，完成「澎湖將軍一號古沉船研究」計畫，共出水284件文物，所有文物並典藏保存於本縣文化局。民國89年配合研究計畫完成，研究單位並於本縣文化局辦理「海峽兩岸水下考古學術研討會」及「澎湖古沉船將軍一號出水文物研究展」，為國內水下考古探勘研究開啟新紀元。又在民國89年澎湖縣潛水人員黃加進先生已提報馬公港疑似水下遺址案，澎湖縣政府也依文化資產法提報中央主管單位教育部，惟教育部因水下探勘經費龐大籌措困難而延後計劃時程，直至民國94年4月間，高雄港務局於馬公港灣之港道疏浚作業，撈出大量海泥中有古陶瓷碎片，在度引起媒體報導及專家學者的關注。
      

3、95年4月「澎湖發現鱷魚化石及疑似遺址」，澎湖縣民潘明國發現的鱷魚化石命名為「潘氏澎湖鱷」（暫定），並將「潘氏澎湖鱷」委由國立自然科學博物館進行鑑定研究，預定以二年時間完成調查研究報告及化石復原工作。經審議委員至「潘氏澎湖鱷」發現地進行會勘，發覺現場的地質層位，距今應在一千四百萬年之譜，如果研究屬實，可以預見的是，「潘氏澎湖鱷」將對澎湖、台灣、甚至中國、東南亞的整個古代生物史和地質史研究，掀起一陣熱潮，進而改寫現存的知識系譜。