1、古蹟：
（1）「媽宮古城─順承門修復工程規劃設計監造」：媽宮古城自光緒13年築城至今已120餘年，其間經歷過幾次部份整修及民國92年城垣緊急搶修外，目前城垣大部份受風雨破壞，亟須修復。透過媽宮古城順承門規劃設計後再進行修復工作使媽宮古城（順承門）能以原風貌繼續保存。
（2）「媽宮古城─順承門修復工程」：規劃設計案經中央主管機關行政院文化建設委員會核定後，繼續辦理修復工程，藉由修復工程進行，使毀壞漸趨嚴重之古城及城門能以原有面?呈現，並吸引遊客參觀認識「媽宮」歷史。
（3）「鎖港南北石塔調查研究」：鎖港南北石塔屬澎湖較大型的石塔，惟缺正式調查研究及文獻記載，希藉鎖港南北石塔的調查研究以彙集古蹟(石塔)相關文史資料使富含民間信仰的石塔珍貴文化資產歷史得以保存及傳遞。
（4）「第一賓館整修工程」：第一賓館建造於日治時期，建築風格屬「和洋混合」，自先總統 蔣中正起至李登輝先生，歷任總統均以該處所為到澎視察之「行館」，因而具有特殊之歷史意義，惟因年久失修，漸漏殘破。經爭取上級補助經費及縣府配合自籌，目前正積極辦理整修工程及工程工作報告記載。
（5）「澎湖天后宮緊急搶修工程」：天后宮（媽祖廟）係本縣重要宗教信仰中心，最後一次大型整建於大正十二年，被指定為國定古蹟，惟因本縣氣候潮濕易生白蟻，且古蹟多為木構造，致部分木構件柱蝕腐朽嚴重，現有漏雨情形。為保護其古蹟主體建築，以緊急搶修方式搭設保護鋼棚架及緊急支撐架。先以緊急方式處理，未來將與廟方研商總體修復。

2、歷史建築：
（1）「魁星樓調查研究暨修復規劃計畫」：該珍貴歷史建築因欠缺妥善維護，而有部份結構老舊壞損之情況，亟待改善。透過本計畫建立基礎資料，以供研究參考及規劃再利用之依據。
（2）「澎湖縣歷史建築澎湖廳憲兵隊調查研究與修復計畫」：憲兵隊位址現有房建物包含國軍港指部營區內之指揮大樓、辦公大樓（原日本憲兵隊馬房及劍道館）、寢室大樓、日式宿舍及餐廳廚房與港指部營區北側之空軍防空砲堡等，建築有許多細部設施及建築須進一步調查，才能完整呈現歷史建築之原貌及特色，故委託進行調查研究後再據以修復。
（3）「澎湖縣歷史建築篤行十村1號、3號緊急搶救計畫」：篤行十村為日治時期所興建，96年1月2日發生大火,本計畫為對於受災毀損的建築儘速進行清理與搶救加固,以避免遭受不當的二次破壞。
（4）「澎湖縣歷史建築馬公篤行十村細部調查研究、測繪暨修復規劃計畫」：本計畫主要是針對篤行十村五棟日式宿舍之調查研究、測繪及修復方式之規劃及評估，並提出歷史建築活化再利用之規劃建議。為篤行十村之活化再利用，建立良好的基礎。
（5）「澎湖縣維護地方傳統古厝」：強化鼓勵居民參與保存傳統閩南式或洋樓式建築，研訂保存維護計畫、評估標準及原則，獎勵補助依原樣修護，將以示範性選擇辦理，並鼓勵傳統師傅修護技術之傳承。

3、聚落：
（1）「二崁漢藥風雲調查研究」：調查研究二崁陳姓宗族自清末至今，在台灣漢藥業(現稱中藥)創業傳承，支脈與回鄉興建古厝之歷程，以文字及照片編輯出版專輯。
（2）「澎湖望安花宅聚落生態調查研究及教育宣導計畫」：聚落自然生態及常民生活史調查研究。教育宣導活動規劃設計，進行教學活動設計。.教育活動執行與出版，與望安國中合作，使聚落內無形的文化資產得以傳承與延續，並向家長以及民眾來宣導文化資產的觀念。
（3）「澎湖縣馬公中央街文化特定專用區細部計畫」：澎湖縣馬公中央街新風貌已於95年2月開街營運，辦理已整修家戶之整體評估，研擬各項文化資產保存維護管理項目。
（4）「望安花宅聚落保存古厝修復工程規劃設計暨示範計畫前置作業」：花宅己登錄為「聚落」，為推動保存維護工作，故委託本計畫進聚落內優先保存古厝修復基礎調查、研擬「點工購料制度」參考手冊、選擇代表性建物辦理示範修復計畫。
（5）「花宅望安花宅聚落文化資產整合及經營管理計畫」：為保存維護花宅文化資產及後續經營管理，故委託本計畫進行有形與無形文化資產之彙整、建構可行之整合維護及再利用模式機制、建立持續發展之經營管理策略。

4、文化景觀：
（1）「澎湖縣文化景觀－菜宅基礎調查研究計畫」：菜宅為本縣及特殊之文化景觀之一，透過基礎清查建立文化資產資料及推薦評估文化景觀登錄及再利用規劃。
（2）「七美雙心石滬修護計畫」：針對雙心石滬營建沿革、重要建築技術、文化資產價值、形貌復原、損壞調查及修復方式、預算概估、保存管理計畫及再利用探討等委託專業團隊進行調查研究。受損部份進行修復保存。
（3）「澎湖縣文化景觀－菜宅基礎調查研究計畫」：第二期：延續95年菜宅第一期調查，結合本期清查成果，列舉菜宅建議保存標的，並以生態旅遊、鄉土教學及有機農業為菜宅永續保育策略，提出完善的建議及規劃方向。
（4）「區域型文化資產保存及活化計畫－澎湖縣媽宮歷史文化生活城區發展維護計畫」：媽宮舊城區是本縣政治、軍事、社會、文化中心，經由專業團隊之規劃，形塑媽宮城歷史文化新風貌。

5、遺址及古物：
（1）「澎湖縣考古遺址列冊暨審查指定保存計畫」：七美三處石器製造場所採集的標本，都是史前居民就地製造石器、就地廢棄的遺物，為求文化資產得以完整保存，先行作法在避免人為破壞及維護遺址之完整性。
（2）「澎湖馬公港出水文物調查研究計畫」：本案為古物(出水文物)之調查、研究計畫，以94年馬公港浚港工程所出水之文物為調查研究標的。研究出水文物標本共2,842件，以清代中晚期（十八至十九世紀）遺留文物最多，共1,898件，共佔66.8％。以挖掘之文物，重建被遺忘的馬公港歷史、呈現馬公港發展的歷史模式、並分析馬公港在歷史上的對外關係。
（3）「澎湖縣七美鄉遺址及石器製造場遺址先期評估規劃暨管理維護計畫」：研擬遺址的保護監管計畫和永續經營模式，評估現地保存並與觀光遊憩資源相結合的評估等。

6、無形文化資產普查計畫：
（1）「澎湖傳統表演藝術普查計畫」：南管、鑼鼓、八音等傳統戲曲歌謠等普查及建議登錄名單。
（2）「96年澎湖縣民俗及有關文物普查計畫（第一期）」：以馬公市之風俗、信仰、節慶為主要強調之普查主軸。以問卷訪問當地耆老，詳細記錄澎湖關於生育、婚嫁、喪葬等禮俗。完整紀錄保存澎湖的生命禮俗。亦採集地方特有之習俗如牽罟、石滬漁業、菜宅農業等。宗教部分則訪問各宮廟之法師，廟公，將澎湖特有的宗教信仰如五營、犒軍、繞境、鎮符等做詳實的紀錄與調查，對於後續研究發展有相當之裨益。

7、理念宣傳：
（1）「文化資產新視野－第六屆澎湖研究學術研討會」： 研討主題內容澎湖文化資產保存維護與社區營造、文化資產保存科學研究、文化資產保存維護經營管理、文化資產相關法令與制度。歷史文化循跡活動及無形文化資產表演一場， 95年11月舉行。
（2）「海洋發展下的澎湖－澎湖研究第七屆學術研討會計畫」：研討主題內容為海洋與澎湖的發展，發表論文涵蓋澎湖港口、離島的變遷、海洋文學等。藉由澎湖學的研究，凝聚地方保存共識透過整合澎湖研究，提昇本縣學術研究品質。並藉以推動並建構澎湖文化資產資料庫。
（3）「文化資產三效合一：澎湖縣文化資產理念宣導暨教育推動深化計畫」：包括2007全國古蹟日活動及澎湖石滬文化景觀保護與經營管理活動講座，編印「文化散步道導覽與地圖」、「看古蹟遊媽宮舊城區」、「走讀望安花宅聚落」，並舉辦相關講座。