「海洋資源館」係以澎湖擁有豐饒的海洋資源特色為主題，展現以澎湖的海洋鄉土文化及漁業經濟脈絡為主軸，分別從「歷史」、「生活」、「知識」及「保育」四個議題，陳述出多元豐富的海洋面向與資源。

海洋資源館的創建，溯至民國76年由行政院文建會委託中研院張崑雄博士主持本館規劃，標示出本館主在闡揚地域性海洋資源及文化特色。於83年在鄭明修博士協助下，完成第一期工程。之後於84年起陸續辦理第二、三期工程，於民國86年4月正式開館啟用。

本館展示內容以澎湖海洋文化為主軸，包括有生物的演進、潮間帶漁作、沿近海漁業、漁村生活實景、生態保育與資源的永續利用等呈現。引領民眾探尋與發現澎湖海洋的多元文化、海洋生態風貌、海洋生物多樣性、環境變遷與澎湖海洋資源的永續利用。落實海洋文化教育紮根基礎，激發民眾投注保育海洋之新生活水。