澎湖縣開發久遠，文化及歷史古蹟資源豐厚，風土民情十分樸實，充滿島嶼人文屬性，並發展出獨樹一格之珍貴文化資產面容。長久以來，民眾一直引頸企盼有座特屬澎湖風味與人文內容的博物館。因此，自民國87年(1998)起即開始研議並列為縣政重大建設計畫之一，民國90年(2001)並委託國立台北藝術大學完成先期調查研究規劃工作，為整體設置計畫推動之基礎，92年縣府隨即編列設計規劃監造經費，開啟實質建設。

歷經10餘年的籌建，於99年4月3日開館營運。 澎湖生活博物館是台灣第一座城市博物館，全館展示以真實的標本文物、文獻、圖片、生態造景、逼真的縮景模型、生活情境復原及身歷其境的聲、光、影音、感應媒體交替運用，使展示內容更加生活化，如廟埕的涼傘手、報馬仔、乞龜、小法、五營犒軍、宮廟彩繪、蒙面女、石滬、魚灶、曬臭肉魚干、澎湖厝、澎湖美食等等，都是觀眾的最愛；所有的展示更在澎湖居民與傳統工藝匠師參與下，呈現立體、多元、豐美、親和、如真的層次與質感。

這裡裝載著澎湖歷史文化的傳承，澎湖人在這塊島嶼生活的流金歲月以及對生活認同與未來想像，也是一座集教育、文化、觀光、休閒功能於一體的現代化城市博物館，成為全縣博物館事業發展之核心館。